Der Ursprung des Klinikums am Michelsberg, wie es heute existiert, liegt im Jahr 1124, als Bischoff Otto von Bamberg dort eine Kirche und das Kloster St. Getreu gründete. Die Kirche wurde samt ihrer Nebengebäude 1126 an das Benediktinerkloster übergeben. Knapp 700 Jahre später, im Jahr 1804, gingen die Bauten schließlich in den Besitz der Stadt Bamberg. Im Jahr darauf wurde dort schließlich die erste Irrenanstalt Bayerns eröffnet. Später wurde St. Getreu mit der Bamberger Lokalarmenstiftung zusammengelegt, bevor die Stadt Bamberg im Jahr 1863 die Verwaltung der Anstalt übernahm. 100 Jahre nach der Eröffnung beherbergte St. Getreu 107 Patienten, welche jedoch dort keinerlei Therapie erfuhren.
Bis die Klinik 1952 in „Nervenklinik der Stadt Bamberg“ umbenannt wurde, wurden die Menschen vor Ort dort lediglich untergebracht. Ab diesem Zeitpunkt wurden Patienten jedoch auch langsam behandelt. 1991 wurde die Nervenklinik in Neurologie und Psychiatrie/Psychotherapie aufgeteilt. Mit der Gründung der Sozialstiftung Bamberg wurde auch die Nervenklinik ein Teil des Unternehmens. Die Neurologie wurde letztlich vom Michelsberg in das Klinikum am Bruderwald verlagert. Heute befindet sich im Klinikum am Michelsberg die Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie sowie das Zentrum für Altersmedizin.